“小金庫”治理實際涉及三個層面的問題，第一是“小金庫”要不要治理，第二是如何治理“小金庫”，而最關鍵的是第三點——“小金庫”治理能不能取得效果，也就是防治“小金庫”長效機制建設的問題。設立“小金庫”的動機一是利益的驅動，二是外在環(huán)境的壓力。有些部門領導設立“小金庫”并不是將錢裝入自己口袋，其目的一方面是為了調(diào)動員工積極性，給員工謀福利；另一方面是出于人情世故的需要。如果這些現(xiàn)實問題不解決，即使對設立“小金庫”者進行教育、懲治，也不會起到好的效果。因此，加強防治“小金庫”長效機制建設，完善制度、加強宣傳教育、加大處理處罰力度等等都是很有必要的，但其重點應該放在對設立“小金庫”動機的研究上。
