2003年3月11日《經(jīng)濟(jì)參考報》頭版刊登了《國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案》，見證了第五次政府機(jī)構(gòu)改革。
當(dāng)日，十屆全國人大一次會議第三次全體會議通過了關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案的決定。改革方案特別提出了“決策、執(zhí)行、監(jiān)督”三權(quán)相協(xié)調(diào)的要求。除國務(wù)院辦公廳外，國務(wù)院29個組成部門經(jīng)過改革調(diào)整為28個，不再保留國家經(jīng)貿(mào)委和外經(jīng)貿(mào)部，其職能并入新組建的商務(wù)部。國家發(fā)展計劃委員會改組為國家發(fā)展和改革委員會。同時，設(shè)立國資委指導(dǎo)推進(jìn)國有企業(yè)改革和重組，設(shè)立銀監(jiān)會加強(qiáng)金融監(jiān)管。
自1982年國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革開始，國務(wù)院已經(jīng)歷六次較大的機(jī)構(gòu)改革。國務(wù)院的工作部門已由100個精簡至2008年的27個。
回顧國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革歷程，幾乎每一次改革都伴隨著政府職能的戰(zhàn)略轉(zhuǎn)變。1981年，國務(wù)院擁有100個工作部門，達(dá)到新中國成立以來機(jī)構(gòu)數(shù)量的最高峰，而臃腫的管理機(jī)構(gòu)在當(dāng)時已不能適應(yīng)改革開放和經(jīng)濟(jì)社會發(fā)展需要。1982年3月8日，五屆全國人大常委會第二十二次會議通過了關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革問題的決議。這次改革使得國務(wù)院的部門從100個減為61個，人員編制也從5.1萬人減為3萬人。
1988年，面對改革開放中出現(xiàn)的新問題，第二次機(jī)構(gòu)改革再次啟動。1988年4月9日，七屆全國人大一次會議通過了新一輪機(jī)構(gòu)改革方案，著重推進(jìn)政府職能轉(zhuǎn)變，由直接管理為主轉(zhuǎn)變?yōu)殚g接管理為主，并強(qiáng)化宏觀管理職能，淡化微觀管理職能。通過改革，國務(wù)院部委減為41個，直屬機(jī)構(gòu)減為19個，非常設(shè)機(jī)構(gòu)減為44個。
1993年3月22日，八屆全國人大一次會議審議通過了關(guān)于國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革方案的決定。方案實施后，國務(wù)院組成部門、直屬機(jī)構(gòu)減少到59個，人員減少20%。
1998年3月，為逐步建立適應(yīng)社會主義市場經(jīng)濟(jì)體制的中國特色的政府行政管理體制，更為深入和廣泛的第四次機(jī)構(gòu)改革拉開帷幕。根據(jù)改革方案，國務(wù)院不再保留的有15個部委，新組建的有4個部委，更名的有3個部委；改革后，除國務(wù)院辦公廳外，國務(wù)院組成部門減少到29個。
最近一次國務(wù)院機(jī)構(gòu)改革，也就是第六次機(jī)構(gòu)改革，發(fā)生在2008年。此次改革的主要任務(wù)是，圍繞轉(zhuǎn)變政府職能和理順部門職責(zé)關(guān)系，探索實行職能有機(jī)統(tǒng)一的大部門體制，合理配置宏觀調(diào)控部門職能，加強(qiáng)能源環(huán)境管理機(jī)構(gòu)，整合完善工業(yè)和信息化、交通運(yùn)輸行業(yè)管理體制，以改善民生為重點加強(qiáng)與整合社會管理和公共服務(wù)部門。
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